小规模纳税人公司注销和股权转让存在多方面区别，具体如下：
定义与性质
公司注销：是指公司完全消失，法人资格消灭。其原因通常包括公司章程规定营业期限届满、股东会决议解散、被吊销营业执照等。
公司股权转让：是指公司股东将其持有的公司股权转让给他人。转让后，公司的法人主体不变，只是股东发生了变更。
程序
公司注销：程序较为复杂，需先成立清算组进行清算，清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，通知、公告债权人，处理债权债务，清缴税款，然后向登记机关申请注销登记。
公司股权转让：相对简单，只需签订股权转让协议，办理股权变更登记等手续即可，一般无需进行清算程序。
债权债务处理
公司注销：公司注销后，其债权债务消灭。但在注销前要依法清理，如有未了结的债务，清算组需以公司财产进行清偿。
公司股权转让：原则上转让前的债权债务由原公司承担，不过可通过协议约定由受让方承担，但该约定不能对抗善意第三人。
对股东影响
公司注销：公司注销后，股东资格消灭。
公司股权转让：原股东不再持有公司股权，新股东取得相应权益，同时承担相应责任和义务。
主体资格
公司注销：公司主体资格彻底消灭，不再存在。
公司股权转让：公司主体依然存续，只是股东发生变更。
后续影响
公司注销：原公司不存在，后续相关经营活动等都不再开展，公司相关的一切法律关系和经营活动终止。
公司股权转让：公司可继续经营，新股东按持股比例享有权利承担义务，公司可以继续以新的主体身份开展经营，只是运营决策等可能因新股东的加入而改变。